Je Probe werden dabei ca. 10 mg Pflanzengewebe benötigt. Bei Blattproben können hierbei einfach kleinere Stücke herausgeschnitten werden (links). Knospen sind hingegen aufwendiger aufzubereiten, da hier zuerst die Knospenschuppen entfernt werden müssen. Nach jeder bearbeiteten Probe ist es natürlich zur Vermeidung von Verunreinigungen unabdingbar, alle verwendeten Arbeitsutensilien ordnungsgemäß zu desinfizieren.
Nun werden die Proben unter Zugabe von Stahlkugeln für 2 x 90 Sekunden bei 20 Hz gemahlen (mittig). Erst dann kann in einem mehrstufigen Verfahren die DNA extrahiert werden. Dies umfasst folgende Schritte:
1. Lysis:
Die Zellen werden aufgebrochen und die DNA somit freigesetzt.
2. Precipitation:
Proteine und andere Verunreinigungen werden mittels der Zugabe eines Fällungsmittels entfernt (rechts).
3. Purification:
Die DNA wird weiter gereinigt, wobei eine Zentrifuge oder eine sogenannte Spin-Säule zum Einsatz kommen kann.
4. Elution:
Anschließend wirddie gereinigte DNA beispielsweise mit einem Puffer (DNeasy 96 Plant Kit) herausgelöst.
Die Qualität und Quantität der DNA kann dann abschließend mittel der Nanodrop-Senspektrometrie gemessen werden, wobei eine Ergänzung um die Agarose-Gelelektrophorese möglich ist.
Anfang Juli wird dann eine erste Charge mit rund 1.700Einzelproben an ein Schweizer Labor übermittelt. Dieses genotypisiert die Proben mittels 15 ausgewählten und optimierten nSSR-Markern und 5 cpSSR-Markern. Bis Ende dieses Jahres sollen dann alle Labortätigkeiten abgeschlossen sein und die Daten der molekulargenetischen Untersuchungen für weitere Analysen vorliegen.